Presidente - rappresenta il CAFI ed è di diritto Presidente dell'Assemblea e del Comitato di Gestione. Può delegare alcuni suoi compiti al Vice Presidente che lo sostituisce altresì in caso di assenza o impedimento.
Comitato di Gestione - è l'organo esecutivo del CAFI. E' composto dal Presidente, dal Vice Presidente, da 7 soci ordinari eletti dall'Assemblea e da due soci vitalizi.
Comitato Scientifico - è composto da esperti del settore dei trasporti, nominati dal Comitato di Gestione entro un numero massimo di 15.
Collegio dei Sindaci - esercita il controllo sulla gestione contabile e finanziaria del CAFI.
Collegio dei Probiviri - ad esso è demandata la risoluzione di ogni controversia fra soci ed organi sociali .
Segretario Generale - provvede alla gestione contabile ed amministrativa del Collegio; partecipa alle sedute del comitato di gestione senza diritto a voto.
Delegati circoscrizionali regionali - rappresentano i soci nell'ambito della circoscrizione regionale di appartenenza e adottano tutte le iniziative per realizzare gli scopi sociali. Curano i contatti, le attività culturali e di informazione/comunicazione fra i soci. Nell'ambito delle rispettive circoscrizioni, i soci eleggono il Delegato circoscrizionale. Fanno parte di ciascuna circoscrizione regionale i soci ordinari, a qualsiasi titolo associati, che prestano servizio o svolgano la loro attività in un impianto, ufficio o struttura avente sede nell'ambito della Regione.